Stowarzyszenie oparte na rodzinie między chorobą Alzheimera i wariantami w UBQLN1 ad 5

Produkty PCR TV1 i TV2 ekstrahowano z żelu agarozowego i poddawano sekwencjonowaniu cyklicznemu w celu potwierdzenia specyficzności sekwencji dla UBQLN1. Reakcje PCR na komplementarny DNA z próbek mózgu od 25 pacjentów z chorobą Alzheimera i 17 kontrolnych (3 ng na mikrolitr) powtórzono czterokrotnie, a średnie wartości stosunku transkryptów TV2 do transkryptów TV1 zastosowano do analiz statystycznych w odniesieniu do statusu choroby i dane genotypu. Analiza statystyczna
Wielopunktowe nieparametryczne analizy sprzężeń przeprowadzono w sposób opisany wcześniej. W skrócie, użyliśmy GeneHunter-Plus i programu ASM (model wykładniczy) do obliczenia wyników Zlr i wielopunktowych wyników lod13, 14 (patrz Dodatek dodatkowy).
Analiza pojedynczego locus i multiloci asocjacji została przeprowadzona przy użyciu oprogramowania Family-Based Association Test (FBAT) (wersja 1.5.3) .15 FBAT wykorzystuje uogólnioną statystykę wyników, aby przeprowadzić różnorodne testy podobne do testu transmisji i nierównowagi, w tym analizy haplotypów, a najlepsze wyniki uzyskuje się stosując model choroby addytywnej, który został tu zastosowany.15,16 Analizy haplotypów przeprowadzono na podstawie prognoz bloków haplotypowych z zastosowaniem znakowania polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (opisanych poniżej). ). W przypadku wszystkich analiz pojedynczego locus i haplotypów w FBAT, wykorzystaliśmy empiryczną funkcję wariancji programu, aby uwzględnić obecność powiązania w obszarze 17 i korektę przesunięcia o równej wadze w celu włączenia genotypów zarówno pacjentów dotkniętych chorobą, jak i tych, którzy nie byli dotknięci (patrz FBAT Strona internetowa [pod adresem www.biostat.harvard.edu/~fbat], aby uzyskać szczegółowe informacje). Wszystkie analizy obejmowały pełną próbkę NIMH, pełną próbkę CAG i, jeśli to możliwe, obydwie próbki łącznie. Wszystkie analizy pojedynczego locus zostały powtórzone przy użyciu alternatywnego programu asocjacyjnego opartego na rodzinie, testu nierównowagi rodowodowej18, 19 (patrz Dodatek dodatkowy).
Disequilibrium powiązania i oceny bloków haplotypów
Prognozy bloków haplotypów opierały się na najbardziej kompletnych danych genotypowych dostępnych dla rodzin NIMH (pełna próba w przypadku APBA1 lub UBQLN1 i próbki przesiewowej w przypadku ABCA1) z wykorzystaniem oprogramowania HAP (które wykorzystuje dynamiczne algorytm programowania oparty na niedoskonałej filogenezie) 20 i Haploview (który jest oparty na D , standaryzowanym parametrze braku równowagi) (szczegóły podano w Dodatkowym dodatku).
Wybór rodzin pokazujących powiązanie z APBA1 i UBQLN1
Aby ocenić stopień, w jakim implikowane polimorfizmy pojedynczego nukleotydu w APBA1 (rs1411438) i UBQLN1 (UBQ-8i) przyczyniły się do sygnału sprzężenia na chromosomie 9 z rozszerzonym zestawem markerów, użyliśmy opcji viewstat w FBAT do identyfikacji rodziny w pełnej próbce NIMH, w której co najmniej dwa allele ryzyka zostały przeniesione na osobników z chorobą Alzheimera. Procedura ta specyficznie identyfikuje rodziny z danymi, które mają charakter informacyjny dla kandydata na polimorfizm pojedynczego nukleotydu i wnoszą największy wkład w statystykę asocjacji (patrz Dodatek dodatkowy). Aby sprawdzić, czy obserwowane powiązanie z UBQ-8i statystycznie uwzględniło sygnał sprzężenia w 9q22, wykorzystaliśmy niedawno opracowany test dzielenia się genotypem IBD (Identity-by-Descent) 21, oparty na dodatkowym modelu choroby
[przypisy: przewód stenona, przerost błony śluzowej nosa, zgon okołooperacyjny ]
[hasła pokrewne: trombomodulina, obrzęki pochodzenia sercowego, oligobiopsja ]