Stowarzyszenie oparte na rodzinie między chorobą Alzheimera i wariantami w UBQLN1 ad 6

W warunkach, które napotkaliśmy (tj. Częstość alleli choroby 0,2, odstępy między markerami mikrosatelitarnymi około 10 cM i włączenie tylko 437 zamiast 500 rodzin), moc statystyczna tego testu jest umiarkowana (tj. 60 do 70 procent). Warunkowa regresja logistyczna
W celu oszacowania wielkości każdego potencjalnego wpływu na ryzyko choroby związanej z wariantami w UBQLN1, wraz z przybliżonym wskaźnikiem stabilności tego oszacowania, przeprowadziliśmy warunkową regresję logistyczną stratyfikowaną według rodziny22 (patrz Dodatek dodatkowy) .
Analiza danych ekspresji RNA Messenger
Aby ocenić różnice w stosunku transkryptów TV2 do transkryptów TV1 między pacjentami z chorobą Alzheimera i kontrolnymi, wykorzystaliśmy test U Manna-Whitneya. Aby ocenić różnice w proporcji transkryptów TV2 do transkrypcji TV1 wśród różnych genotypów UBQ-8i, zastosowaliśmy jednoczynnikową analizę wariancji.
Wyniki
Tabela 1. Tabela 1. Testy asocjacyjnych i warunkowych analiz logistyczno-regresyjnych polimorfizmów pojedynczego nukleotydu w UBQLN1 i chorobie Alzheimera. Dodanie markerów D9S1800 i D9S280 do pełnego ekranu genomu pozwoliło nam potwierdzić i nieco udoskonalić nasze poprzednie wyniki łączenia dla chromosomu 9q22 z poprzedniego wyniku punktacji wielopunktowej wynoszącego 2,75 przy 99 cM do wyniku wielopunktowej jod wynoszącego 2,70 przy 97 cM (Figura 1A). Wstępna ocena 58 polimorfizmów pojedynczego nukleotydu w trzech kandydujących genach pod kątem choroby Alzheimera w obrębie połączonego regionu dała 19 informatywnych wariantów, które zostały genotypowane i przeanalizowane w rodzinach NIMH (7 pojedynczych nukleotydowych polimorfizmów każdy w APBA1 i ABCA1 i 5 pojedynczych nukleotydach polimorfizmy w UBQLN1). Analiza pojedynczego locus przeprowadzona za pomocą FBAT ujawniła spójne i znaczące dowody związku choroby Alzheimera z dwoma polimorfizmami pojedynczego nukleotydu w UBQLN1 (UBQ-8i [P = 0,028] i rs2781002 [P = 0,046]) (Tabela 1) , jeden polimorfizm pojedynczego nukleotydu w APBA1 (rs1411438 [P = 0,04]) (tabela w dodatkowym dodatku), ale brak sygnału w ABCA1 (tabela 2 w dodatkowym dodatku). Odkrycia te wykryto również za pomocą testu nierównowagi rodowodowej (tabela 1).
Aby wytyczyć architekturę haplotypu przodków dającą początek domniemanym wariantom choroby, oszacowaliśmy strukturę blokową haplotypu używając HAP i Haploview. Analizy te konsekwentnie wykazały, że pojedynczy blok haplotypowy obejmuje wszystkie polimorfizmy pojedynczego nukleotydu w UBQLN1, z czterema głównymi haplotypami (Figura 1, szczegóły w Tabelach 3 i 7 w Dodatku Aneks), które mogą być oznaczone przez trzy polimorfizmy pojedynczego nukleotydu. Analizy haplotypów z tymi polimorfizmami pojedynczych nukleotydów ujawniły pojedynczy haplotyp (H3) ze znacznie zwiększoną szybkością przenoszenia do dotkniętych pacjentów w niestratlowanej próbce NIMH (P = 0,048). Ten haplotyp ryzyka został prawie wyłącznie zdefiniowany przez allel ryzyka UBQ-8i (allel C). Struktura haplotypu w obrębie APBA1 była bardziej złożona (Figura 1), z tylko jednym blokiem haplotypowym w 3 połowie genu przewidywanym przez oba algorytmy. Badanie trzech polimorfizmów pojedynczego nukleotydu znakującego haplotyp w obrębie tego bloku nie wykazało dowodów na związek z chorobą Alzheimera (Tabela w dodatkowym dodatku).
Następnie zajęliśmy się stopniem, w jakim obserwowane asocjacje w APBA1 (rs1411438) i UBQLN1 (UBQ-8i) stanowiły podstawę dla sygnałów sprzężenia na chromosomie 9
[patrz też: wyspa ger2, ebola prezentacja, oligobiopsja ]
[przypisy: fala tętna, neurografia, glikogenoza ]